- Solenne Carat (50%, co-encadrement R. Houlgatte, INSERM) Intégration de données de transcritpion et de ChIP-chip: application au réseau de transcription du récepteur d’œstrogène ESR1. La thèse qui bénéficiait d’un financement régional a été soutenue en octobre 2010. Après deux année de post-doctorat à l’ETH de Lausanne, l’étudiante est revenue à Nantes où elle a pris un poste d’ingénieure en bioinformatique spécialisée dans le traitement des données NGS.
- Vincent Picard (50%, co-encadrement A. Siegel, IRISA). Analyse dynamique d’algorithmes et dynamique symbolique pour l’étude de modèles semi-quantitatifs en biologie des systèmes, thèse démarrée en septembre 2012 sur un financement MENRT.
- Marko Budinich (40
) et Bruno Saint-Jean, IFREMER PBA (10%)). Modélisation par contraintes du métabolisme des écosystèmes microbiens : vers une optimisation multi-objectifs. Thèse démarrée en septembre 2013 sur un co-financement CNRS INS2I et régional (via le projet GRIOTE).
- Hanen Mhamdi (30
), M. Elloumi, Tunis (40%)). Effet des régulations dans les réseaux métaboliques, thèse en co-tutelle avec l'université de Tunis démarrée en octobre 2014 sur un financement du gouvernement Tunisien.
En outre, j'ai participé activement à l'encadrement de la thèse d'Oumarou Abdou Arbi, (co-encadrement A. Siegel, IRISA) sans pour autant apparaître dans son encadrement officiel. La thèse s'intitulait « Etude de la flexibilité métabolique : application à l’analyse du réseau métabolique de la glande mammaire de la vache ». Elle a été soutenue en décembre 2013. L’étudiant a depuis été recruté sur un poste d’enseignant-chercheur au Niger, son pays d’origine.
J’ai co-encadré 5 stages de niveau Master 2 Recherche:
- Théo Merle : (50%, co-encadrement R. Andonov, IRISA) Comparaison de formalismes hybrides de description de réseaux de gènes. Printemps 2011.
- Marko Budinich (40) et Bruno Saint-Jean, IFREMER PBA (10%)). Printemps 2013.
- Oumarou Abdou-Arbi (50%, co-encadrement A. Siegel, IRISA) stage en internship INRIA, Analyse du réseau métabolique de la glande mammaire de la vache. Printemps 2009.
- Solenne Carat (50%, co-encadrement R. Houlgatte, INSERM) Construction et étude du réseau de transcription du récepteur d’œstrogène ESR1. Printemps 2006.
- Vincent Palmieri : (50%, co-encadrement I. Rusu, LINA) Analyse en moyenne d’un algorithme de compression d’un arbre des suffixes en oracle des suffixes. Printemps 2005.
Enfin, j’ai encadré de nombreux TER et plusieurs stages de première année des ENS de Cachan et ENS de Rennes.
En outre, je participe à l'encadrement d'un post-doctorat (durée du post-doctorat, 3 ans), Yann Guitton, recruté en septembre 2014 sur le projet IDEALG (PIA) et dont le sujet porte sur la mise en relation entre réseau métaboliques et données de métabolomique. Le but de ce post-doctorat est d'une part d'améliorer les méthodes de reconstruction ab initio de réseaux métaboliques pour les espèces non-modèle (et plus particulièrement de reconstruction de leur métabolisme secondaire) et d'autre part, d'améliorer les les méthodes d'identification de métabolites dans les études de métabolomique.
