Responsabilités
Responsabilités scientifiques :
- Responsable de l'équipe Combinatoire et Bioinformatique du LINA depuis janvier 2014. Cette équipe, dont les activités de recherche tournent autour de la génomique comparative et de la biologie des systèmes, est composée de 12 membres : 2 professeurs, 4 maîtres de conférences, 2 doctorants, 1 post-doctorant et 3 ingénieurs.
- Porteur du projet régional GRIOTE (2013-2017). Ce projet, financé à hauteur de 1.4M€ par la région Pays de la Loire, a pour but de structurer les activités de recherche, formation et valorisation en Bioinformatique sur la région Pays de la Loire. Ce projet regroupe les équipes de recherche en bioinformatique de 13 laboratoires ligériens.
- Co-porteur du projet régional SyMeTRIC (co-porteur : Richard Redon, INSERM, Institut du Thorax).
Administration de la science
- Représentant du domaine « bio-informatique » au conseil scientifique de Biogenouest depuis 2004. Biogenouest est un groupement d'intérêt scientifique de la Bretagne et des Pays de Loire (environ 60 laboratoires en font partie). Le rôle de ce GIS est d’animer les activités en biologie en appuyant des projets fédératifs et de coordonner les financements régionaux dans le domaine des sciences du vivant.
- Co-responsable scientifique (depuis janvier 2015) de la plateforme de Bioinformatique BiRD de Biogenouest. Cette plateforme, hébergée par l'institut du Thorax, fournit les infrastructures informatiques de calcul et de stockage aux équipes de biologie du grand-ouest.
- Membre du comité de sélection de l’université de Paris-Sud en 2010 et 2013.
- Rapporteur des travaux de thèse de Monsieur Ngoc Tung NGUYEN, soutenue le 3 février 2015 au LaBRI et membre du comité de suivi de thèse de Maxime Folchette (équipe MeForBio, IRCCyN, Nantes) et James Scicluna (équipe TALN, LINA, Nantes).
Animation de la science et responsabilités éditoriales
- co-Président du comité d'organisation de la conférence internationale CMSB 2015 (Computational Methods in Systems Biology) qui se déroulera à Nantes en septembre 2015. co-Président du comité de programme de CMSB 2015.
- co-responsable de l'organisation de l'école d'été internationale en Bioinformatique à Angers en juin 2015 (1ère édition).
- Organisation de la journée des doctorants JDOC 2011 de l’école doctorale E.D. STIM 503
- Membre du comité de programme des conférences JOBIM 2012, seqBio 2014 et BIOKDD 2015.
- Editeur académique pour la revue internationale PloS One.
- Nombreuses reviews pour divers journaux et conférences en bioinformatique, en combinatoire et en analyse d’algorithmes. Uniquement sur la période 2011-2015 : Bioinformatics, Annals of combinatorics, Discrete Mathematics, CMSB, Signal Processing, Analysis of Algorithms (AofA), PLoS Computational Biology, Medical & Biological Engineering & Computing.
Responsabilités pédagogiques
- Responsable de la Licence 1 informatique depuis 2012. Cette responsabilité concerne le suivi d'environ 1000 étudiants par an.
- co-Responsable de la licence mention informatique de l'université de Nantes depuis janvier 2015. Cette responsabilité, cruciale pour le département informatique, consiste à mettre en cohérence la formation de la licence informatique en vue de la préparation du futur contrat quinquennal (rédaction des dossier d’auto-évaluation et maquette de la future licence).
- Correspondant informatique du Service Universitaire de Pédagogie (SUP) de l’université de Nantes (depuis 2014) qui a pour but d’assister les départements et les personnels de l’université de Nantes dans le développement des nouvelles pratiques pédagogiques.